| 1-1 | 技術(shù)測(cè)試和分析服務(wù) | 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 | 完成540個(gè)樣本的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，其中組織樣本360個(gè)，血液樣本180個(gè) | (1) (略) ：10X Genom (略) ，Il (略) (2)樣本上機(jī)要求：a：細(xì)胞懸液合格標(biāo)準(zhǔn)：細(xì)胞活性大于90%，結(jié)團(tuán)率小于5% ，單樣本細(xì)胞總量大于(略)。b細(xì)胞核懸液合格標(biāo)準(zhǔn)：結(jié)團(tuán)率小于5%，單樣本細(xì)胞核總量大于(略)。(3)服務(wù)內(nèi)容及數(shù)據(jù)量要求：對(duì)合格樣本進(jìn)行基于10X Genomics微流控原理的單細(xì)胞（核）捕獲和轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建，并用Illumina測(cè)序儀采用雙端150bp的方式完成測(cè)序，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)量不少于150Gb。單個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量滿(mǎn)足(略)以上，基因中位數(shù)大于1500。 | 自合同簽訂之日起1年 | (1)反饋質(zhì)檢報(bào)告和實(shí)驗(yàn)報(bào)告，提供實(shí)驗(yàn)操作步驟，并說(shuō)明所用主要儀器、試劑或試劑盒。(2)提供原始數(shù)據(jù)，提供測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和生信分析結(jié)果報(bào)告。(3) (略) 在線(xiàn)分析、查閱結(jié)果的方式：(4) 數(shù)據(jù)保留時(shí)間：原始測(cè)序數(shù)據(jù)、分析結(jié)果等數(shù)據(jù)保留10年。 | 3,(略) |
| 1-2 | 技術(shù)測(cè)試和分析服務(wù) | 全基因組測(cè)序 | 完成300個(gè)樣本的全基因組測(cè)序，其中組織樣本200個(gè)，血液樣本100個(gè) | (1) (略) ：Il (略) (2)樣本上機(jī)要求：收集組織、血液樣本，從樣本中提取純DNA。DNA總量不低于 1ug，OD260/OD280 的比值應(yīng)在 1.8-2.0 之間。(3)服務(wù)內(nèi)容及數(shù)據(jù)量要求a．測(cè)序策略及深度:PE150，30×～50×覆蓋深度,單樣本數(shù)據(jù)量不少于120Gb。b．?dāng)?shù)據(jù)要求:Q30>85%，堿基類(lèi)型分布均勻，因測(cè)序機(jī)構(gòu)定量不準(zhǔn)或其他非采購(gòu)方自身樣本原因引起的數(shù)據(jù)量不足，免費(fèi)補(bǔ)測(cè)。 | 自合同簽訂之日起1年 | (1)反饋質(zhì)檢報(bào)告和實(shí)驗(yàn)報(bào)告，提供實(shí)驗(yàn)操作步驟，并說(shuō)明所用主要儀器、試劑或試劑盒。(2)提供原始數(shù)據(jù)，提供測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和生信分析結(jié)果報(bào)告。(3) 數(shù)據(jù)保留時(shí)間：原始測(cè)序數(shù)據(jù)、分析結(jié)果等數(shù)據(jù)保留10年。 | (略) |
| 1-3 | 技術(shù)測(cè)試和分析服務(wù) | Bulk轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 | 完成450個(gè)樣本的Bulk轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，其中組織樣本300個(gè)，血液樣本150個(gè) | (1) (略) ：Il (略) (2)樣本上機(jī)要求：收集組織、血液樣本，從樣本中提取總RNA，總RNA總量大于2ug，RIN值大于7。(3)服務(wù)內(nèi)容及數(shù)據(jù)量要求：a．核酸提取的技術(shù)方案和要求，RNA 提?。汉怂崽崛『髴?yīng)進(jìn)行質(zhì)量測(cè)定。核酸質(zhì)量控制要求：核酸提取物OD260/OD280在1.7～1.9之間，OD260/OD230大于2。無(wú)蛋白質(zhì)污染。保持核酸的完整性。b．測(cè)序及測(cè)序數(shù)據(jù)分析。利用高通量測(cè)序儀對(duì)構(gòu)建的文庫(kù)開(kāi)展測(cè)序?qū)嶒?yàn)，采用測(cè)序讀長(zhǎng)為150bp的雙端測(cè)序模式。數(shù)據(jù)量：高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)（Q20）≥6Gb。準(zhǔn)確度：Q30 比例＞85%。去接頭后連續(xù)為N的讀序不納入分析。 | 自合同簽訂之日起1年 | (1)反饋質(zhì)檢報(bào)告和實(shí)驗(yàn)報(bào)告，提供實(shí)驗(yàn)操作步驟，并說(shuō)明所用主要儀器、試劑或試劑盒。(2)提供原始數(shù)據(jù)，提供測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和生信分析結(jié)果報(bào)告。(3) (略) 在線(xiàn)分析、查閱結(jié)果的方式：(4) 數(shù)據(jù)保留時(shí)間：原始測(cè)序數(shù)據(jù)、分析結(jié)果等數(shù)據(jù)保留10年。 | (略) |
| 1-4 | 技術(shù)測(cè)試和分析服務(wù) | TCR免疫組庫(kù)測(cè)序 | 完成300個(gè)組織樣本的TCR免疫組庫(kù)測(cè)序 | (1) (略) ：Il (略) (2)樣本上機(jī)要求：收集組織樣本，從樣本中提取總RNA，總RNA總量大于2ug，RIN值大于7。(3)服務(wù)內(nèi)容及數(shù)據(jù)量要求a、核酸提取的技術(shù)方案和要求，RNA 提?。汉怂崽崛〔僮餍璺显噭┖姓f(shuō)明書(shū)的要求，提取后應(yīng)進(jìn)行質(zhì)量測(cè)定。b、采用5’RACE法合成含有mRNA完整5’的cDNA，覆蓋到完整的V基因，保留完整的TCR和 (略) 域，RACE擴(kuò)增產(chǎn)物用于雙端150bp測(cè)序，測(cè)序數(shù)據(jù)量不低于10Gb。 | 自合同簽訂之日起1年 | (1)反饋質(zhì)檢報(bào)告和實(shí)驗(yàn)報(bào)告，提供實(shí)驗(yàn)操作步驟，并說(shuō)明所用主要儀器、試劑或試劑盒。(2)提供原始數(shù)據(jù)，提供測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和生信分析結(jié)果報(bào)告。(3) 數(shù)據(jù)保留時(shí)間：原始測(cè)序數(shù)據(jù)、分析結(jié)果等數(shù)據(jù)保留10年。 | (略) |
| 1-5 | 技術(shù)測(cè)試和分析服務(wù) | 血漿蛋白質(zhì)組檢測(cè) | 完成150個(gè)血液樣本的血漿蛋白質(zhì)組檢測(cè) | (1) (略) ：研究采用Orbitrap Astral超高分辨質(zhì)譜儀進(jìn)行蛋白的檢測(cè)(2)樣本上機(jī)要求：從血液中分離高質(zhì)量的血漿樣本，從血漿中提取總蛋白?？偟鞍踪|(zhì)檢合格標(biāo)準(zhǔn)：使用SDS-PAGE考染，蛋白條帶清晰，蛋白條帶分布正常，蛋白無(wú)降解，各泳道電泳行為差異不明顯，且存在明顯的高豐度蛋白，使用BCA 試劑盒測(cè)定蛋白濃度，蛋白總量至少大于50ug。(3)服務(wù)內(nèi)容及數(shù)據(jù)量要求a、 (略) 理：蛋白檢測(cè)采用納米磁珠富集方式。b、胰酶酶解：對(duì)符合樣本上機(jī)要求的蛋白進(jìn)行胰酶酶解。c、質(zhì)譜方法：采用10X高深度檢測(cè)方法，使用Orbitrap Astral儀器。d、鑒定深度要求：鑒定總蛋白數(shù)不低于6000，能進(jìn)行定量的蛋白總數(shù)不低于4500。e、配置Swiss-ProtReviewed 數(shù)據(jù)庫(kù)，數(shù)據(jù)使用DIA-NN（v 1.8）搜索引擎，使用軟件默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行檢索。酶切方式設(shè)置為T(mén)rypsin/P，最大漏切數(shù)設(shè)置為2。 | 自合同簽訂之日起1年 | (1)反饋質(zhì)檢報(bào)告和實(shí)驗(yàn)報(bào)告，提供實(shí)驗(yàn)操作步驟，并說(shuō)明所用主要儀器、試劑或試劑盒。(2)提供原始數(shù)據(jù)，提供測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和生信分析結(jié)果報(bào)告。(3) 數(shù)據(jù)保留時(shí)間：原始測(cè)序數(shù)據(jù)、分析結(jié)果等數(shù)據(jù)保留10年。 | (略) |
| 1-6 | 技術(shù)測(cè)試和分析服務(wù) | 血漿代謝組檢測(cè) | 完成150個(gè)血液樣本的血漿代謝組檢測(cè) | (1) (略) ：代謝物使用Waters UPLC超高效液相系統(tǒng)結(jié)合Waters ACQUITY UPLC BEH C18 Column（1.7 μm, 2.1 mm×100 mm）進(jìn)行分離，之后代謝物經(jīng)由超高效液相系統(tǒng)分離后被注入ESI離子源中進(jìn)行電離然后進(jìn)timsTOF Pro質(zhì)譜進(jìn)行分析。(2)樣本上機(jī)要求：取樣后對(duì)樣品狀態(tài)進(jìn)行以下評(píng)估：a、狀態(tài)評(píng)估：在樣本核對(duì)時(shí)，須評(píng)估樣本狀態(tài)是否正常，是否有存在溶血或者沉淀的情況，通過(guò)肉眼進(jìn)行樣本顏色的評(píng)估，判斷樣本是否存在溶血情況（正常血清和輕微溶血樣本可以正常進(jìn)行，溶血樣本建議剔除）。b、樣本量評(píng)估：在樣本核對(duì)的時(shí)候須評(píng)估樣本量是否充足，每個(gè)樣本量達(dá)到 50 μL以上。(3)服務(wù)內(nèi)容及數(shù)據(jù)量要求a、代謝物中正/負(fù)離子鑒定要求：檢出總代謝物不低于2500，其中正離子鑒定深度不低于1700，負(fù)離子鑒定深度不低于800。b、將質(zhì)譜檢測(cè)數(shù)據(jù) (略) 理，數(shù)據(jù)庫(kù)譜圖匹配及軟件自動(dòng)積分及定量計(jì)算。c、進(jìn)行QC正離子BPC重疊圖、QC負(fù)離子BPC重疊圖、組內(nèi)和組間PCA圖進(jìn)行質(zhì)控。d、 (略) 理：化合物定量有重復(fù)時(shí)，提取最高值，代謝物必須要在>=50%的QC樣本中有定量值，或者在>=20%的實(shí)驗(yàn)樣本中有定量值。e、配置 MetaboScape 2022 搜庫(kù)軟件。 | 自合同簽訂之日起1年 | (1)反饋質(zhì)檢報(bào)告和實(shí)驗(yàn)報(bào)告，提供實(shí)驗(yàn)操作步驟，并說(shuō)明所用主要儀器、試劑或試劑盒。(2)提供原始數(shù)據(jù)，提供測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和生信分析結(jié)果報(bào)告。(3) 數(shù)據(jù)保留時(shí)間：原始測(cè)序數(shù)據(jù)、分析結(jié)果等數(shù)據(jù)保留10年。 | (略) |
| 1-7 | 技術(shù)測(cè)試和分析服務(wù) | 石蠟空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 | 完成80個(gè)組織樣本的石蠟空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 | (1) (略) ：10X Genomics Visium HD(2)樣本上機(jī)要求a、組織切片厚度5μm，正式實(shí)驗(yàn)盡量保證組織切片平整(刀痕，褶皺，破損等會(huì)導(dǎo)致脫片或者組織結(jié)構(gòu)變形/缺失)。b、RNA質(zhì)檢:DV200>30%c、HE染色質(zhì)控:組織形態(tài)保存完好。(3)服務(wù)內(nèi)容及數(shù)據(jù)量要求a、提供組織切片、組織透化及基因表達(dá)實(shí)驗(yàn)，鄰片進(jìn)行病理要求的HE染色或者免疫熒光染色。b、測(cè)序讀長(zhǎng)PE150，數(shù)據(jù)量≥150Gb RawData/樣本，測(cè)序質(zhì)量：RawData Q30≥80%； | 自合同簽訂之日起1年 | (1)反饋質(zhì)檢報(bào)告和實(shí)驗(yàn)報(bào)告，提供實(shí)驗(yàn)操作步驟，并說(shuō)明所用主要儀器、試劑或試劑盒。(2)提供原始數(shù)據(jù)，提供測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和生信分析結(jié)果報(bào)告。(3) (略) 在線(xiàn)分析、查閱結(jié)果的方式：(4) 數(shù)據(jù)保留時(shí)間：原始測(cè)序數(shù)據(jù)、分析結(jié)果等數(shù)據(jù)保留10年。 | 1,(略) |
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